Program BI opracowano jako sekwencje kolejnych układów ćwiczeń, które powinny być stosowane w określonej kolejności z uwzględnieniem postępów dziecka, dla maksymalnego wspierania jego rozwoju i możliwości uczenia się.

Ćwiczenia Integracji Bilateralnej mają na celu zamknięcie luki w fazach rozwoju, uwzględniając słabości, które mogą ograniczać możliwości dziecka W czasie programu dziecko poznaje nie tylko swoje ciało i jego położenie w przestrzeni, ale również w wyniku treningu umie łączyć wykonywanie wielu czynności naraz.

Na podstawie testów diagnostycznych i kontrolnych spotkań tworzony jest indywidualny program terapeutyczny z odpowiednio dobranymi ćwiczeniami ruchowymi. Ćwiczenia powinny być wykonywane codziennie. Czas trwania może być zwiększany w zależności od potrzeb i motywacji dziecka. 10-15 minut ćwiczeń każdego dnia powoduje mierzalne zmiany w rozwoju ośrodkowego układu nerwowego. Regularność jest podstawowym warunkiem sukcesu.

Program ćwiczeń jest etapowy. Każdy element ćwiczeń jest łatwy do przeprowadzenia. Ćwiczenia zmieniamy, kiedy osiągniemy podniesienie poziomu sprawności fizycznej lub kiedy osiągnięty zostanie prawidłowy ruch każdego segmentu.
W późniejszym czasie są dodawane wielozadaniowe elementy, które obejmują wizualne i słuchowe przetwarzanie.

Jest możliwe łączenie programu ćwiczeń integracji obustronnej z innymi programami ruchowymi np. z programem integracji sensorycznej (SI) oraz integracji odruchów  metodą INPP